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Depuis 1995, plusieurs équipes de l'Assistance publique des hôpitaux de Paris (AP-HP) ont recours à la chirurgie pour traiter l'obésité morbide.
L'enquête de la Caisse Nationale de l'Assurance Maladie des travailleurs salariés (CNAMTS) publiée en février 2004 a montré que les recommandations médicales (ou référentiels) adoptés en 1998 par plusieurs associations de recherche et de sociétés savantes sur l'obésité (et actualisées en 2003) n'étaient pas appliquées dans plus de deux tiers des cas en France.
Le Comité d'évaluation et de diffusion des Innovations Technologiques de l'AP-HP (le CEDIT) a eu à se prononcer sur l'utilisation des anneaux gastriques ajustables dans le traitement de l'obésité morbide. Ainsi saisi, le CEDIT rend ses recommandations en mars 2004 : d'une évaluation sur l'utilisation des anneaux gastriques, le CEDIT rend des recommandations de type organisationnel. En effet, notant l'existence d'une forte hétérogénité au sein de l'AP-HP – les trois quarts des interventions de chirurgie bariatrique étant alors réalisées par deux équipes (à Bichat et à l'hôpital européen Georges Pompidou), sur les neuf compétentes en la matière –, le comité recommande que « les services et les compétences pour la chirurgie de l'obésité morbide soient développés de façon planifiée et coordonnée ». Et il ajoutait : « L'élaboration, puis le suivi d'un cahier des charges permettraient de définir et de garantir la qualité de sites de références. ».
Sur cette base, la direction de la politique médicale (DPM) de l'AP-HP décide de labelliser des centres de référence qui permettront de structurer l'offre de soins destinée aux obèses, cet axe thérapeutique étant l'un des axes stratégiques de l'AP-HP définis par le Plan Stratégique 2005-2009. En octobre 2004, la DPM énonce les principes qui permettront d'assurer des soins de meilleure qualité à l'AP-HP, aussi bien pour les obèses adultes (obésité sévère et morbide) que pour les enfants. La participation d'Associations d'Obèses a été très active dans la rédaction de ce cahier des charges.
Le 3 mars 2005, la direction de la politique médicale, en accord avec la Commission Médicale d'Etablissement, lance, auprès des hôpitaux de l'AP-HP, un appel à projets reposant sur trois principes essentiels :
En juillet 2005, 11 centres de référence sont sélectionnés par un jury parmi 15 dossiers de candidatures.